Urodził się jednak w Nijmegen, w Holandii. Był synem bogatego kupca i burmistrza miasta. Przyszedł na świat w 1521 roku.
Nie pociągały go interesy prowadzone przez ojca. Chciał studiować teologię. Był gorliwym katolikiem i chciał służyć Bogu. Mając piętnaście lat udał się do Kolonii, w Niemczech, by studiować na tamtejszym uniwersytecie.
„Piotr miał wielkie ideały, ale nie wiedział, co ze sobą zrobić”. Gdy był jeszcze dzieckiem i odwiedzał rodzinę, pewna świątobliwa staruszka przepowiedziała mu, że wkrótce powstanie nowy zakon, do którego wstąpi. Tak się też stało. W 1543 roku spotkał św. Piotra Fabera, jednego z założycieli nowego zakonu i pierwszego kapłana wśród jezuitów. „Zrozumieli się od pierwszej chwili bez słów… Powierzył się mu, odprawił Ćwiczenia… i złożył ślub wstąpienia do Towarzystwa…”
W czerwcu 1546 roku otrzymał święcenia kapłańskie. Miał 25 lat, ale już wtedy był uznanym teologiem i czekano na niego w Trydencie, gdzie kilka miesięcy wcześniej rozpoczął się Sobór. Dotarł tam w marcu następnego roku.
„Pewnego lutowego dnia 1548 roku Ignacy, który wcześniej podjął decyzję o otwarciu kolegium w Mesynie, zebrał wspólnotę i poprosił o wolontariuszy do rozpoczęcia nowego dzieła. Kanizjusz ofiarował się, gotów podjąć każde zadanie, ‘nawet kucharza, ogrodnika, portiera, studenta albo też nauczyciela jakiegokolwiek przedmiotu, nawet gdyby nic o nim nie wiedział’. Ignacy przyjął jego ofertę wraz z dziewięcioma innymi zgłoszeniami towarzyszy różnych narodowości”. Tak powstało ‘Primum ac prototypum Collegium Societatis Iesu’ – pierwsza w historii jezuicka szkoła dla świeckich uczniów.
Na Sycylii spędził rok. Wrócił do Rzymu, gdzie na ręce św. Ignacego złożył uroczystą profesję zakonną. Kilka miesięcy później zdobył doktorat w Bolonii, aż wreszcie dotarł do Ingolstadtu w listopadzie 1549 roku.
Tu rozpoczęła się trwająca prawie pół wieku praca duszpasterska, która dała mu zasłużyć na tytuł ‘Drugiego Apostoła Niemiec’. Pierwszym był św. Bonifacy, Anglik, drugim Holender, który w pełni się utożsamił ze swoją nową ojczyzną.
Na tytuł apostoła Niemiec Kanizy zasłużył przede wszystkim przez katechizm, który stał się dziełem jego życia. Napisał katechizm dla dorosłych, a także dla dzieci i młodzieży. Były one bardzo popularne i przyczyniły się do ugruntowania katolicyzmu i ograniczenia wpływów reformacji. Jeszcze za życia Kanizego przetłumaczono go na 15 języków i miał 200 wydań.
Piotr Kanizy był prowincjałem, założycielem i rektorem kolegiów, wykładowcą i duszpasterzem. „Nie było kraju ani regionu środkowoeuropejskiego, którego by nie przemierzył, i to wielokrotnie: wędrował po drogach Austrii, Czech, Węgier, [Włoch, Niemiec, Francji], Polski i Szwajcarii”.
Kanizjusz działał na wielu frontach. Głosił kazania, wykładał na uniwersytetach. Pracował też z ubogimi, chorymi, a także z weteranami wojennymi.
Ostatnie lata życia spędził we Fryburgu. Zmarł 21 grudnia 1597 roku.
Beatyfikował go Pius IX, a kanonizował i ogłosił doktorem Kościoła Pius XI w 1925 roku.