Urodził się w 1531 roku w Segowii, w Hiszpanii, jako drugi syn z jedenaściorga rodzeństwa. Jego ojciec był tkaczem i powodziło im się nienajgorzej, choć do czasu, kiedy ojciec nie umarł. Alfons musiał przerwać wtedy naukę, aby pomóc matce w prowadzeniu przedsiębiorstwa i w opiece nad młodszym rodzeństwem.
Sprawy szły jednak w złym kierunku. Alfons nie miał talentu do interesów, nie był człowiekiem przedsiębiorczym, miał bujną wyobraźnię i był niezwykle uczuciowy, a to zły materiał na kupca. Matka postarała się, aby go ożenić z bogatą kobietą. Alfons miał wtedy 27 lat. Wkrótce potem mieli z żoną trójkę dzieci. Sprawy jednak dodatkowo się skomplikowały. Interesy szły źle, umarła mu córeczka, potem syn, a następnie żona. Alfons zrezygnował z prowadzenia handlu i wrócił do matki. Niedługo potem jednak umiera ostatni syn a także jego matka. Nie ma już nic, co by go wiązało ze światem.
Wtedy pojawia się myśl, aby wstąpić do Towarzystwa Jezusowego. Alfons znał jezuitów od dawna, bo ponoć gościli w domu samego św. Piotra Fabera, jednego z ojców założycieli zakonu. Kiedy jednak wyjawił swą wolę wstąpienia do zakonu wielu miało wątpliwości, co do prawdziwości powołania. Wtedy ówczesny prowincjał o. Antoni Cordeses, po rozmowie z kandydatem, powiedział prorocze słowa:
„Ojcowie, rozmawiałem z Alfonsem. Powinienem go przyjąć, bo jestem pewien, że odda wielkie usługi Towarzystwu i ozdobi je swoim przykładem i cnotami”.
I tak się zaiste stało. Brat Alfons rozpoczął nowicjat w Walencji mając 30 lat. Po kilku miesiącach wysłano go do kolegium w Palmie na Majorce. Na początku spełniał tam różne posługi, a od roku 1580 powierzono mu zajęcie portiera, które będzie spełniał wiernie przez 37 lat, aż do śmierci.
Przez pierwsze lata w zakonie doświadcza wielkich pokus, zwłaszcza przeciw czystości. Przeżywa też stany uniesienia, które uczą go, że zjednoczenie z Bogiem osiąga się dzięki utrapieniom, bo wtedy jest poddane próbie i oczyszczone.
„Dzięki naturalniej dobroci nawiązywał z łatwością kontakty z przychodzącymi na portiernię i rozpoczynał rozmowy duchowe. Zaczął dawać formalne konferencje duchowe”
uczniom kolegium i ludziom z miasta. Sumiennie spełniał swoje obowiązki.
„Był specjalistą w trzech tematach: różaniec, spowiedź i częsta komunia święta… Innym jego zadaniem było katechizowanie opuszczonych, włóczęgów i rozbitków”.
Miał wiele przeżyć, które możemy traktować jako nadzwyczajne, a nawet mistyczne.
Alfons Rodriguez był mistrzem duchowym dla młodszych współbraci, w szczególności dla Piotra Klawera. Zobaczył w nim duszę wybraną do podjęcia wielkich dzieł na chwałę Bożą i zachęcał go do wyjazdu na misje do nowego świata.
„Pewnego dnia, Alfons mówił do Piotra: „Iluż próżnujących w Europie mogłoby być apostołami w Ameryce!’”
I to tam, w Kolumbii, Piotr Klawer stał się „Bożym niewolnikiem” – „świętym niewolnikiem niewolników”.
Alfons Rodriguez zmarł 31 października 1617 roku ze słowem „Jezus” na ustach. Kanonizował go w 1888 roku Leon XIII.