Jan urodził się 24 czerwca 1390 roku w Kętach, niedaleko Oświęcimia. Na wielu dokumentach tak się właśnie podpisywał, jako Jan z Kęt i to stało się swego rodzaju nazwiskiem.
Do szkoły uczęszczał w rodzinnej miejscowości, a musiała stać ona na wysokim poziomie, skoro po jej ukończeniu, w 1413 roku, mógł się zapisać do Akademii Krakowskiej. Po dwóch latach był bakałarzem, a po kolejnych trzech, magistrem filozofii. Został wykładowcą, choć wtedy było to bezpłatne stanowisko. Niedługo potem przyjął święcenia kapłańskie. Utrzymywał się dając prywatne lekcje i z posługi duszpasterskiej.
W 1421 roku Akademia Krakowska wysłała Jana do Miechowa. Na prośbę tamtejszych bożogrobców został kierownikiem ich szkoły klasztornej. Uczył kleryków, a w wolnym czasie przepisywał potrzebne mu do wykładów rękopisy. Do naszych czasów zachowało się wiele kodeksów przepisanych ręką św. Jana, które przechowywane są w Bibliotece Jagiellońskiej, a nawet w Bibliotece Watykańskiej. Znajdziemy tam teksty Ojców Kościoła, św. Augustyna, św. Tomasza, ale też Arystotelesa.
Jan Kanty był także kaznodzieją w przyklasztornym kościele. Zajmował się też muzyką, bo zachowały się partytury pieśni, zapisane jego ręką. Po ośmiu latach Jan wrócił do Krakowa, gdyż w jednym z kolegiów Akademii zwolniło się miejsce dla profesora, które zapewniało mieszkanie i utrzymanie. Po powrocie rozpoczął wykładać na wydziale filozoficznym i podjął studia teologii. Pełnił też różne funkcje w administracji Akademii.
W 1439 roku został kanonikiem i kantorem kapituły św. Floriana w Krakowie, a także proboszczem w Olkuszu. Ponieważ nie mógł pogodzić probostwa z obowiązkami na Uniwersytecie, więc zrzekł się lukratywnego beneficjum i sporych dochodów. Musiał się znać na muzyce, o czym świadczy powierzenie mu obowiązków kantora, opiekującego się muzyką i śpiewem liturgicznym.
Ponieważ był profesorem, a potem też dziekanem i rektorem Kolegium Większego, więc tytuł magistra teologii – równoznaczny wtedy z doktoratem – zdobył dopiero w 1443 roku.
Był człowiekiem głębokiej wiary i pobożności. Czynnie praktykował miłosierdzie. Dzielił się z potrzebującymi. Wyzbywał się nawet tego, co posiadał, odzienia i obuwia. Dzielił swój chleb z głodnymi. Podania przekazują, że żywność przekazywana bliźniemu w cudowny sposób odnawiała się na talerzu Jana. Wspomagał w szczególności ubogich studentów. Był gorliwym duszpasterzem. Głosił kazania, krzewił kult eucharystyczny, zachęcał też do częstego przyjmowania Komunii św., wiele spowiadał.
Jan Kanty zmarł w Krakowie w Wigilię Bożego Narodzenia 1473 roku. Uważano go za świętego i dlatego pochowano go od razu pod amboną w kościele św. Anny. Beatyfikował go Innocenty XI, a kanonizował w roku 1767 Klemens XIII.
Św. Jan Kanty jest patronem uczącej się i studiującej młodzieży, a także profesorów, szkół katolickich i „Caritasu”. W ikonografii ukazywany jest w todze profesorskiej. Jego atrybuty to między innymi obuwie, które daje ubogiemu i różaniec.