Stanisław urodził się w Szczepanowie około roku 1030. Zapewne pierwsze nauki pobierał w domu rodzinnym. Później uczył się być może także w Tyńcu, pod Krakowem, u benedyktynów. Nie wiemy wiele na ten temat, ale nie jest wykluczone, że dalsze studia odbywał w szkole katedralnej w belgijskim Liege, albo w Paryżu.
Wiadomości o życiu i dziejach św. Stanisława czerpiemy z kilku źródeł. Są to roczniki, które w połowie wieku XI przywieziono do Krakowa i systematycznie je uzupełniano. Jest to Katalog biskupów krakowskich. O św. Stanisławie pisze Gall Anonim w XI wieku i jeden z następców św. Stanisława na stolicy biskupów krakowskich, błogosławiony Wincenty Kadłubek. On pisał w XIII wieku, ale będąc biskupem krakowskim mógł mieć szerszy dostęp do informacji o swoim poprzedniku. O Stanisławie pisał też dominikanin, Wincenty z Kielc około roku 1240 i ten żywot posłużył za punkt odniesienia w procesie kanonizacyjnym męczennika.
Stanisław przyjął święcenia kapłańskie w roku 1060. Biskup Lambert mianował go kanonikiem katedry. Na jego polecenie Stanisław założył i rozpoczął Rocznik krakowski, czyli kronikę katedralną, w której odnotowywane były najważniejsze wydarzenia z życia diecezji.
Po śmierci Lamberta, w roku 1070, na jego następcę wybrano Stanisława. Papież Aleksander II zatwierdził wybór, ale konsekracja odbyła się dopiero dwa lata później.
Niedługo potem Stanisław udał się do Rzymu, aby wyjednać u papieża wskrzeszenie metropolii gnieźnieńskiej. Chodziło przede wszystkim o to, by polską strukturę kościelną uniezależnić od pretensji metropolii w Magdeburgu do zwierzchnictwa nad polskimi diecezjami.
W roku 1075 papież Grzegorz VII przysłał swoich legatów, którzy potwierdzili prawomocność powołania metropolii gnieźnieńskiej z roku 999/1000 i wszystkich jej praw oraz powołali nowego metropolitę.
Choć król Bolesław Śmiały popierał wybór Stanisława na biskupa krakowskiego i jego starania o uznanie metropolii gnieźnieńskiej, to jednak ostry konflikt, w który wszedł z biskupem wyznaczył jakże odmienne ich dzieje i miejsce w historii.
Według Galla biskup krakowski był buntownikiem i sprzeciwił się królowi. Król się zemścił, skazał Stanisława na obcięcie członków i sam tego dokonał. Niedługo potem jednak musiał uciekać z kraju i zmarł na wygnaniu, pokutując za swoje haniebne działania.
Błogosławiony Wincenty Kadłubek opisuje tę historię zgoła inaczej. Król Bolesław Śmiały według jego opowiadania bardzo dużo przebywał poza granicami kraju, prowadząc wiele wojen. W kraju powodowało to zamęt, szerzyły się rozboje, rodziny były rozbite, dochodziło do wielu zdrad. Rycerze zaczęli powoli opuszczać króla. Kiedy zatem wrócił do kraju, zaczął się mścić. Robił to w sposób okrutny. Stanisław się temu sprzeciwił i upomniał króla, a kiedy to nie poskutkowało rzucił na niego klątwę, a przez to zwolnił poddanych od posłuszeństwa królowi.
Król zemścił się i własnoręcznie zabił biskupa w kwietniu 1079 roku, gdy ten odprawiał Mszę św. w kościele na Skałce w Krakowie. Starania o kanonizację Stanisława uwieńczono sukcesem i papież Innocenty IV dokonał jej w 1253 roku. W ikonografii Stanisław ukazywany jest w stroju pontyfikalnym. Jego atrybuty to miecz i palma męczeńska.