Urodził się około roku 1350 w miejscowości Pomuk, niedaleko czeskiej Pragi.
W 1370 roku, jeszcze jako kleryk, był notariuszem biskupim. Święcenia kapłańskie przyjął w roku 1380, a potem został proboszczem w praskim kościele św. Galla. Jednocześnie dalej pełnił obowiązki notariusza biskupiego.
W roku 1381 rozpoczął studia prawnicze na uniwersytecie w Pradze, a po roku przeniósł się do Padwy, aby kontynuować studia. Po pięciu latach wrócił do Pragi jako doktor prawa. Został mianowany kanonikiem przy kolegiacie św. Idziego. W roku 1390 został archidiakonem i objął probostwo w mieście Žatec, około 100 kilometrów na zachód od Pragi.
Szybko jednak powrócił do stolicy, powołany przez arcybiskupa Jana z Jenštejna na jego wikariusza generalnego. Pozycja ta dawała Janowi w diecezji pierwsze miejsce po metropolicie.
W 1393 roku zmarł benedyktyński opat z klasztoru w Kladrubach, zachodnie Czechy. Wacław IV Luksemburski, król Niemiec i Czech, chciał założyć nowe biskupstwo i mianować biskupem swojego kandydata. Planował zatem przejąć kościół opactwa i zamienić go na katedrę biskupią. Zabronił więc wyboru nowego opata. Wtedy jednak Jan Nepomucen sprzeciwił się tej decyzji, uważając ją za sprzeczną z prawem kanonicznym. Bez konsultacji z królem i wbrew jego oczekiwaniom, doprowadził do szybkiego wyboru nowego opata.
Król wpadł w gniew, nakazał aresztowanie Jana, dwóch innych prałatów i burmistrza Wacława z Miśni. Poddano ich torturom. Oprócz Jana wszyscy szybko ulegli władcy. Było to 20 marca 1393 roku.
Tomasz Ebendorfer z Haselbach w swojej ‘Kronice’ z 1450 roku podaje jeszcze inną wersję męczeńskiej śmierci Jana Nepomucena. Według niego Jan był spowiednikiem królowej Zofii Bawarskiej, którą Wacław IV podejrzewał o zdradę. Kiedy król domagał się od Jana wyjawienia tajemnicy jej spowiedzi, ten odmówił, czym naraził się na dodatkowy gniew władcy.
Jana poddano okrutnym torturom. Był bity, lżony, przypalano mu boki. Ponoć w tych torturach brał udział sam król, sądząc zapewne, że w ich czasie Jan wyjawi interesujące go tajemnice. Później, na półumarłego Jana zakuto w kajdany i z belką w zębach, po nocy, wleczono końmi po ulicach Pragi. Na koniec jego umęczone ciało oprawcy wrzucili z mostu Karola IV do rzeki Wełtawy.
Ciało męczennika znaleziono dopiero 17 kwietnia i pochowano w kościele Świętego Krzyża. Po pewnym czasie zostało przeniesione do grobowca pod katedrą. Kult męczennika rozwijał się spontanicznie, zwłaszcza po śmierci Wacława IV. Oficjalny proces rozpoczęto jednak dopiero w XVIII wieku. Błogosławionym ogłosił go Innocenty XIII, a kanonizował go w roku 1729 Benedykt XIII.
Św. Jan Nepomucen jest patronem spowiedników, szczerej spowiedzi, dobrej sławy i tonących. Wzywany jest jako orędownik podczas powodzi. W tradycji ludowej święty chronił pola i zasiewy przed klęskami żywiołowymi, powodzią, ale i suszą. Dlatego tak wiele figur, zwanych nepomukami, znajduje się przy drogach, skrzyżowaniach, mostach i na placach.
W ikonografii św. Jan ukazywany jest w stroju kapłana, w ręku trzyma krzyż i palmę męczeństwa. Niekiedy trzyma palec na ustach, symbol zachowania tajemnicy spowiedzi. Jego atrybuty to: klucz, książka, krzyż, zapieczętowany list, most, wieniec z gwiazd z napisem w środku tacui-milczałem.