Urodził się w Lizbonie 1 marca 1647 roku. W 1662, mając zaledwie 15 lat, mimo sprzeciwu najbliższych, wstąpił do jezuitów z pragnieniem, by iść śladami św. Franciszka Ksawerego. Był uzdolniony i szybko się uczył.
W marcu 1673 wyruszył wraz z kilkunastoma współbraćmi do Indii. Dotarł tam we wrześniu. Zaczął uczyć się języka i rozpoczął pracę duszpasterską. Jan de Brito, jak wielu współbraci przed nim, był zwolennikiem tak zwanej inkulturacji. Jak tylko było możliwe, przystosowywał się do miejscowych zwyczajów, ubioru i tradycji.
Tereny misyjne, na których pracował były bardzo obszerne. „Przemierzanie tego rozległego terytorium bez dróg i mostów, pełnego bandytów i dzikiej zwierzyny, wymagało zarówno sił, jak i odwagi. Upał, brak wody, jednostajne i dziwne pożywienie to były inne trudności… Jako kaznodzieja wędrował niezmordowanie od wioski do wioski w poszukiwaniu dusz… Niejednokrotnie musiał gromadzić swoich katechumenów w leśnych gęstwinach, bo albo nie dysponował budynkiem, albo też zebranie się w miejscu kultu było niebezpieczne.
„Moja misja jest tak rozległa – pisał – że gdy udaję się w jedne strony, inne są opuszczone, a gdy wołają mnie z dalekich miejscowości do jakiegoś chorego, to albo znajduję go już martwego, albo wyzdrowiałego”...
Brito prowadził niezmordowanie swój apostolat, poszerzając pole pracy, ale musiał się ukrywać.
„Spędzał całe dni w dżungli, tropiony niczym dzikie zwierzę”.
W roku 1686 Brito przekroczył granice królestwa Maravy. Byli tam chrześcijanie, którzy przyjęli chrzest ponad osiemdziesiąt lat wcześniej, ale potem zostali opuszczeni. Misja okazała się bardzo skuteczna, ale to stało się przyczyną kłopotów o. Jana. Został aresztowany razem z innymi chrześcijanami.
„Wszystkich okrutnie torturowano… [Urzędnik królewski] zagroził, że ich zabije, jeśli nie będą wzywać boga Sziwy. Ponieważ odmówili, policzkowano ich, bito kijami i na nowo zakuto w kajdany… Wystawiono ich nagich na ostrych skałach na palące słońce, na dodatek deptali ich w tym czasie krzepcy mężczyźni”.
Straszono ich śmiercią, ale kapryśny władca zmienił zdanie, „uwolnił więźniów i wygnał Brito ze swego terytorium”.
O. Jan został odesłany do Europy, ale chciał jak najszybciej wrócić na misje. „Nie zatrzymała go nawet miłość do jeszcze żyjącej matki. Po czterech latach był już z powrotem.
„Wiedział, że zmierza prostą drogą do męczeństwa, ale zachowywał wielką ostrożność… Jedną z jego ulubionych kryjówek była polana w lesie w pobliżu granicy [królestwa Maravy], „pod drzewem, w otoczeniu tygrysów i wężów”. Tam przychodziły do niego setki osób. „Odkąd tu przybyłem, ochrzciłem kilka tysięcy”
– pisał 25 marca 1692 roku…
W końcu został aresztowany.
„Po otrzymaniu polecenia [kat] udał się na wskazane miejsce i zastał misjonarza modlącego się na kolanach. Stanął z boku ostrząc miecz… Brito powstał, wszedł na małe wzniesienie, gdzie miała się dokonać egzekucja, i z radością skłonił głowę, odsłaniając przed katem szyję”.
Wystarczyło jedno uderzenie mieczem.
Gdy wieść o tym męczeństwie dotarła do Lizbony, król Piotr II, towarzysz zabaw dziecięcych o. Jana, nakazał odprawić nabożeństwo dziękczynne.
O. Jan de Brito został beatyfikowany przez Piusa IX, a kanonizowany przez Piusa XII w 1947 roku.