"Tak więc, po przyjęciu wielu komunii i spełnieniu dobrych uczynków zdecydowałem się i złożyłem ślub służenia Bogu w zakonie z pomocą łaski". Po przedstawieniu z całą mocą przemawiających za tym racji zakończył: „Postanowiłem ofiarować się Jezusowi Chrystusowi i walczyć razem z Nim w Towarzystwie noszącym Jego imię. Pragnę jedynie, byście nie odważyli się sprzeciwić Chrystusowi waszymi planami; posłuszny syn Chrystusa i wasz, Jan Berchmans.”
Jego ojciec, Jan-Karel, mistrz szewski i garbarz zareagował natychmiast. Przybył do Mechelen, gdzie Jan się uczył i chciał porozmawiać z synem oraz przekonać go, by zmienił plany. Uważał, że rodzina go potrzebuje. Zaciągnął dług, żeby pokryć koszty nauki swego najstarszego syna i spodziewał się, że ten zatroszczy się teraz o rodzinę. Widząc jednak, że niewiele jest w stanie wskórać, prosił go tylko by odłożył na jakiś czas myśl o wstąpieniu do zakonu.
Po miesiącu Jan wyraził „zdumienie", że ojciec nie pozwala mu pójść za głosem powołania, a kiedy ten w końcu oznajmił, że daje mu wolną rękę, by zrobił, co uważa za stosowne, ale żeby nie oczekiwał od niego żadnej pomocy, „Jan odpowiedział bezzwłocznie: - Tato, nawet gdybyś mi zabrał ubranie, jakie mam na sobie, wstąpiłbym do Towarzystwa w samej koszuli”. Do nowicjatu w tymże samym Mechelen wstąpił niedługo potem, 24 września 1616 roku.
Był wzorowym nowicjuszem i starał się ściśle zachowywać wszelkie reguły. Przełożeni polecili mu nauczyć się francuskiego. Robił to tak pilnie, że po kilku miesiącach mógł wygłosić krótkie przemówienie w tym języku. Katechizował w wioskach wokół Mechelen. Słuchały go dzieci i dorośli. Umiał dostosować się do swoich słuchaczy.
W październiku 1618 roku rozpoczął studia filozoficzne w Amsterdamie, ale po kilku dniach został wysłany do Rzymu, aby tam kontynuować naukę.
Całym sercem oddał się studiom filozofii, ale też z całych sił chciał się rozwijać duchowo. Jego celem było spełnianie doskonale wszelkich obowiązków. Jan miał słynne „zasady", które sobie wyznaczał i do których stosował się bezwarunkowo: „Rób, co masz robić"; „Wkładaj serce i wszystkie siły w to, co robisz"; albo taka dosyć radykalna „Dam się raczej pokrajać, niż złamię najmniejszą regułę".
Jan był przekonany, że „jezuita musi mieć ogromne pragnienia, a jego serce musi być wielkie jak świat”. Fascynowały go misje, zwłaszcza misja chińska, i gorąco pragnął męczeństwa, które wtedy nie było wcale rzadkością. Nie był wyniosły ani niedostępny, ale pokorny, usłużny i miły.
W lipcu 1621 roku zdał błyskotliwie egzamin końcowy z filozofii. Miał wrócić do Belgii. Spodziewano się po nim wiele, ale Bóg miał inne plany. 31 lipca Jan „otrzymał [duchowe] ostrzeżenie o zbliżającej się śmierci".
O świcie w piątek, 13 sierpnia, Jan Berchmans trzymał w dłoniach krzyż, różaniec i książeczkę reguł. Poprosił, by mu odmówiono Litanię Loretańską. Przy słowach: Święta Panno nad pannami, Matko przeczysta, skłonił głowę i umarł. Miał 22 lata. Kanonizował go Leon XIII w 1887 roku. Jest patronem ministrantów i młodzieży studiującej.