Urodził się w roku 974 w arystokratycznej rodzinie grafów niemieckich w Kwerfurcie, w Saksonii. W 986 roku rozpoczął naukę w słynnej szkole katedralnej w Magdeburgu. Po odbyciu studiów przyjął święcenia kapłańskie i w 995 roku został mianowany kanonikiem katedralnym w Magdeburgu. Potem został kapelanem na dworze cesarza Ottona III, którego był zaufanym powiernikiem i przyjacielem. Wraz z cesarzem udał się do Rzymu w roku 997. Brunon poczuł, że Bóg wzywa go do innej służby. Zrezygnował więc z dobrze zapowiadającej się kariery i w roku 998 wstąpił do opactwa benedyktyńskiego na Awentynie. Przywdział habit zakonny i przyjął imię zakonne Bonifacy.
W tym samym opactwie kilka lat wcześniej przebywał św. Wojciech. Do Rzymu wtedy dotarła i coraz większym echem rozlegała się po całej Europie wieść o jego męczeńskiej śmierci na terenach pogańskich Prusów.
Brunon złożył śluby zakonne w 999 roku. Zaprzyjaźnił się ze św. Romualdem, który zakładał nową rodzinę zakonną kamedułów, wywodzącą się też z tradycji benedyktyńskiej.
W roku 1001 Brunon – Bonifacy był już jako jeden z mnichów kamedulskich w słynnym eremie Pereum, niedaleko Rawenny.
Wtedy to, na prośbę polskiego władcy Bolesława Chrobrego oraz cesarza Ottona III, św. Romuald wysłał kilku mnichów z misją ewangelizowania Słowian nadodrzańskich. Udali się tam św. Jan i św. Benedykt. Miał do nich dołączyć Brunon, ale przedtem św. Romuald wysłał go do papieża Sylwestra II, aby wyjednał dla misji odpowiednie przywileje papieskie. Sylwester chętnie pobłogosławił misji i udzielił niezbędnych przywilejów. Przekazał także Brunonowi paliusz, mianując go tym samym na metropolitę misyjnego z prawem mianowania biskupów na terenach misyjnych.
Sakrę biskupią Brunon otrzymał w Magdeburgu w roku 1004. Terytoria Słowian nadodrzańskich leżały na terenach pod jurysdykcją arcybiskupstwa gnieźnieńskiego, do których rościła sobie też prawo metropolia magdeburska, więc Brunon udał się w roku 1005 z misją na Węgry. W roku następnym pojawił się w Polsce, by w kolejnym powrócić na Węgry, a potem do Kijowa, a nawet do plemion Pieczyngów nad Morzem Czarnym.
Wyprawy misyjne Brunona – Bonifacego były finansowane przez Bolesława Chrobrego. Dlatego w 1009 roku Brunon znowu przybył do Polski i chciał rozpocząć misję w Jaćwierzy. Miał bowiem wcześniej nawrócić jednego z książąt jaćwieskich, Nothimera. Kiedy jednak przybył na tereny Pojezierza Suwalskiego, w lutym lub marcu 1009 roku został zabity razem ze swoimi 18 towarzyszami. Brunon miał wtedy 35 lat.
Ciało męczennika wykupił Bolesław Chrobry, ale nie wiemy, gdzie go pochowano i ślad po relikwiach zaginął.
Brunon jest autorem Żywotu św. Wojciecha, Żywotu Pięciu Braci Kamedułów, oraz Listu do cesarza Henryka II, w którym stara się o pojednanie między Henrykiem a Bolesławem Chrobrym, stając po stronie polskiego władcy.
Kanonizacja św. Brunona miała miejsce poza Rzymem, w jego rodzinnej diecezji, prawdopodobnie w latach 1019 a 1025.