Sprawy jednak komplikowały się z dnia na dzień. Władze chińskie nie sprzyjały przybyszom. Franciszek Ksawery pozostawał niewzruszony, mimo że wszyscy go opuszczali. 12 listopada 1552 roku napisał ostatnie smutne listy. Nazajutrz
„okręt wiozący pisma do Malakki zniknął na horyzoncie. W Sancjanie zapanowała samotność i spokój… Głodowali. Niejednokrotnie musieli żebrać o kawałek chleba lub coś do zjedzenia…”
Zapewne nie tak wyobrażał sobie swoją karierę. Pochodził ze szlacheckiej rodziny. Jego ojciec był doktorem Uniwersytetu Bolońskiego. On sam miał nie mniejsze aspiracje. Żył w czasach wielkich przemian. Stary, poukładany świat legł w gruzach, odkryto nowe lądy, Amerykę, drogę do Indii. Europa targana była Reformacją i konfliktami wybuchającymi co raz na tym tle. „Nowe” rzeczywiście rodziło się w bólach.
Franciszek Ksawery studiował w Paryżu. Tam poznał św. Ignacego Loyolę i na zawsze związał swoje życie z Chrystusem. Oddał się Jezusowi bez reszty, godząc się na to, by On go posłał na cały świat, gdziekolwiek zechce.
Po kilku dniach w opuszczeniu i głodzie na wyspie Sancjan Ksawery zachorował. Miał wysoką gorączkę i siły opuszczały go coraz bardziej. Modlił się, wzywając miłosierdzia Bożego. Wracał do tego dnia, który zupełnie niespodziewanie odmienił jego życie.
Był 14 marca 1540 roku. Franciszek był wtedy w Rzymie, był sekretarzem Towarzystwa. Wezwał go Ignacy i powiedział:
„Magistrze Franciszku, już wiesz, że z polecenia Jego Świątobliwości dwóch z naszej grupy powinno udać się do Indii, a jednym z nich jest magister Bobadilla. Z powodu choroby nie może ruszyć w drogę, a ambasador nie może czekać, aż wyzdrowieje. Oto twoje zadanie. Franciszek odpowiedział natychmiast: Dobrze, jestem gotów!...”
Nazajutrz wyjechał z Rzymu, by już nigdy doń nie powrócić. „Odziany w starą i pocerowaną sutannę, żegnał się ze swym „prawdziwym ojcem” Ignacym… Miał jedynie brewiarz i kilka pism. To był cały jego bagaż”.
Na to wspomnienie Franciszek westchnął:
„Jezu, Synu Dawida, zmiłuj się nade mną!... Czuł, że zbliża się śmierć, i polecił, żeby zawieziono na statek kilka rzeczy, które posiadał: pisma i książki, bieliznę i obrazki. Potem stracił przytomność”
i zaczął majaczyć.
Podróż Ksawerego statkiem z Europy do Indii zajęła dwa lata. Był pierwszym Europejczykiem, który dotarł do Japonii. We współczesnej historii misji katolickich nie ma nikogo, kto mógłby mu dorównać rozmachem i śmiałością. W tamtym czasie korespondencja była znikoma i bardzo powolna. W ciągu dziesięciu lat Franciszek otrzymał listy tylko pięć razy. Jego listy, mimo, iż nieliczne, krążyły w tysiącach odpisów po Europie, odczytywane z ambon wzniecały olbrzymi zapał misyjny.
„Pod wieczór w piątek, 2 grudnia, Antonio – czuwający przy Franciszku chiński towarzysz – zorientował się, że zbliża się koniec… „Tuż przed świtem, widząc, że umiera, włożył mu do ręki świecę. Z imieniem Jezus na wargach, z wielkim spokojem, oddał ducha swemu Stwórcy i Panu. Zmarł przed świtem w sobotę, 3 grudnia 1552 roku, w porcie na wyspie Sancjan, w obcym słomianym szałasie, po dziesięciu latach od przybycia w te rejony Indii”. Miał czterdzieści sześć lat.”