Jan był synem Zebedeusza i Salome. Jakub, jeden z Apostołów, był jego starszym bratem. Byli zamożną rodziną rybacką. Posiadali łodzie i sieci. Niektórzy uważają, że Jan był znany Arcykapłanowi i mógł potem wprowadzić Piotra na dziedziniec jego domu, gdyż dostarczał ryby na stół arcykapłana. Jego hebrajskie imię oznacza „Pan dał łaskę”.
Początkowo był uczniem Jana Chrzciciela, ale potem, jak sam to opisuje ze szczegółami w swojej Ewangelii, poszedł za Jezusem, „Barankiem Bożym”.
Jan należał do grona najbardziej zaufanych uczniów Chrystusa, towarzyszy Jezusowi na Górze Tabor podczas Przemienienia, jest przy wskrzeszeniu córki Jaira. Ewangelie wspominają o nim w 31 miejscach.
Jan razem z bratem musieli mieć porywcze charaktery, skoro Jezus nazwał ich „synami gromu”. Jan gorszy się też, że ktoś może czynić cuda w imię Jezusa, a nie należeć do grona jego uczniów i chce mu tego zabronić.
W prośbie matki Jana i Jakuba, Salome, aby jej synowie byli w Królestwie Bożym po prawej i lewej stronie Jezusa, widać, że ich motywacje pójścia za Panem nie są do końca bezinteresowne i potrzebują oczyszczenia.
Jan razem z Piotrem przygotowują Paschę w Wieczerniku. Podczas Ostatniej Wieczerzy Apostoł spoczywa „na piersi” Zbawiciela. Jan jest razem z Chrystusem w Ogrodzie Oliwnym i jako jedyny z Dwunastu wytrwał z Jezusem do końca. To jemu z krzyża Jezus powierza swoją Matkę, a Jej ucznia, jako przybranego syna.
Po zmartwychwstaniu Jan biegnie z Piotrem do grobu. Tam „ujrzał i uwierzył”, że Jezus żyje. Razem z Piotrem daje też świadectwo i głosi ewangelię w świątyni. Św. Paweł nazywa go „filarem Kościoła”.
Przez wiele lat po zmartwychwstaniu Jan przebywa w Jerozolimie. Potem działał w Samarii, aż osiadł w Efezie. Tam po roku 70 napisał swoją Ewangelię i trzy listy. Apokryfy „Dzieje Jana” przekazują, że około roku 90. cesarz Domicjan wezwał Apostoła do Rzymu. Kazał mu dać do picia kielich z zatrutym winem. Kiedy jednak Jan zrobił nad nim znak krzyża, kielich pękł i zatrute wino się rozlało. Wtedy cesarz kazał wrzucić Apostoła do kadzi z wrzącym olejem, ale Jan wyszedł z niej odmłodzony. Ostatecznie Domicjan skazał go na wygnanie na wyspę Patmos, gdzie Jan przebywał do śmierci cesarza w roku 96. Na wyspie Patmos Jan miał wiele widzeń i spisał je w Księdze Apokalipsy, ostatniej kanonicznej księdze Pisma św. Po śmierci cesarza Jan wrócił do Efezu, gdzie zmarł jako jedyny z Apostołów śmiercią naturalną około roku 98. Tam też został pochowany.
Św. Jan Ewangelista jest patronem między innymi aptekarzy, dziewic, zawodów związanych z pisaniem i przepisywaniem, jak pisarzy, papierników, introligatorów, skrybów, kopistów i kreślarzy.
W ikonografii przedstawiany jest zwykle jako stary Apostoł. Ukazywany jest też jako młodzieniec w scenach Ostatniej Wieczerzy, czy u stóp krzyża. Jego atrybuty to często przedmioty związane z legendami o zatrutym winie i wrzącym oleju, albo też orzeł, symbol jego Ewangelii.