Regintruda, córka Dagoberta uprosiła swego męża, księcia Bawarii Teodora II, aby zaprosił Ruperta i pozwolił mu głosić wiarę chrześcijańską. Św. Rupert odczytał to jako wyraźny głos Boga. Udał się do Rzymu, by poprosić Papieża o błogosławieństwo. Św. Sergiusz I nie tylko udzielił mu błogosławieństwa, ale też udzielił sakry biskupiej i mianował biskupem misyjnym Nadrenii.
Św. Rupert wrócił z kilkoma księżmi do Bawarii, w Ratyzbonie został przyjęty przez księcia Teodora II i jego żonę. Wkrótce też ochrzcił księcia Bawarii i możnowładców, a za ich przykładem wiarę katolicką przyjął lud. Stało się to w 696 roku.
Św. Rupert opuścił Ratyzbonę i udał się na południe. Na miejscu pogańskiego kultu Siedmiu Planet w Altötting Rupert wybudował kościół i umieścił tam cudowną figurę Matki Bożej, zwaną „Naszą Kochaną Panią”. To wysoka na 65 cm rzeźba przedstawiająca Maryję, trzymającą na lewej ręce Chrystusa. „Czarna Madonna” z Altötting jest patronką Bawarii. W Altötting Rupert ochrzcił bawarskiego króla Ottona i jego poddanych.
Rupert przemierzał Traungau i Attergau, aż dotarł do Seekirchen. Po krótkim pobycie ruszył dalej i dotarł do rzeki Salz. Na ruinach rzymskiego miasta Juvanum założył stolicę biskupią. Tu wybudował kościół pod wezwaniem św. Piotra oraz klasztor. Jest to najstarszy klasztor benedyktyński w Austrii. Budowle dały też początek okazałemu, słynnemu dzisiaj na cały świat, miastu Salzburg.
Na niedalekim wzgórzu, zwanym potem Nonnberg, około roku 711/712 św. Rupert ufundował żeński klasztor benedyktyński. Pierwszą przełożoną została w nim św. Erentruda, siostrzenica Ruperta.
Te dwa opactwa benedyktyńskie, męskie i żeńskie, założone przez Ruperta w Salzburgu, okazały się błogosławieństwem dla Austrii. Promieniowały nauką i duchowością. Były ośrodkami ewangelizacji. Dlatego też św. Rupert jest uznawany za apostoła Bawarii i Austrii.
Ze względu na brak księży, św. Rupert wyruszył do Francji, aby sprowadzić kapłanów dla swojej diecezji. Przybyło dwunastu księży, których biskup rozesłał po diecezji i wybudował dla nich kościoły.
Święty starał się dbać o wiernych i księży w swoim obszernym biskupstwie. Wizytował, wzywał do wierności Chrystusowi, napominał księży, by godnie sprawowali swój urząd. Wrócił do Salzburga na początku 718 roku i poważnie zachorował.
W Wielkanoc odprawił uroczyste nabożeństwo, przyjął Komunię św. Zwołał duchowieństwo, udzielił ostatnich rad i pobłogosławił zebranym. Na swego następcę wyznaczył św. Wirgila. W pokoju ducha odszedł do Pana 27 marca 718 roku. Pochowano go w założonym przez niego opactwie w Salzburgu.
Jego relikwie przeniesiono do nowowybudowanej katedry salzburskiej w 774 roku.
Św. Rupert jest patronem Salzburga i regionu. W Salzburgu obchodzi się do dzisiaj Dzień św. Ruperta („Rupertikirtag”). Jest to oficjalne święto miasta i regionu. Św. Rupert uznawany jest za apostoła Bawarii i Austrii. Czczony jest też jako patron górników solnych.
W ikonografii ukazywany jest w stroju biskupim. Jego atrybutami są: pastorał, mitra, katedra, cudowna figurka z Altötting oraz baryłka soli.