Urodził się w szlacheckiej rodzinie w roku 1550. Był drugim synem z pięciorga rodzeństwa. Rodzina była zasobna. Ojciec był kasztelanem zakroczymskim. Ich religijność była dosyć przeciętna, ale dzieci wychowywane były surowo.
Stanisław podstawowe wykształcenie zdobywał w domu rodzinnym. Kiedy skończył czternaście lat, razem ze starszym o dwa lata bratem Pawłem, został wysłany do kolegium Jezuitów w Wiedniu. Uczył się tam gramatyki, humaniorów i retoryki.
Po kilku miesiącach mieszkania w konwikcie jezuitów, bracia musieli przenieść się na kwaterę prywatną. Ich relacje nie układały się najlepiej. Stanisław był spokojny, skoncentrowany na nauce, pobożny. Brat Paweł i pozostali z grupy uczniów i opiekunów dawali mu się we znaki, robiąc mu często na złość.
Spośród wydarzeń, jakie zaszły wtedy w życiu Stanisława, dwa są szczególnie ważne.
„Przyszedł dzień 4 grudnia 1566 roku, święto św. Barbary, drugiej patronki Sodalicji Mariańskiej, do której należał Stanisław. Nie była to polska święta, ale żywił do niej szczególne nabożeństwo, bo była patronka dobrej śmierci… Stanisław zachorował… Zaczął majaczyć… Chory miał pragnienie i chciał przyjąć Komunię św… Wydawało się, że tamta noc będzie ostatnia… Stanisław był spokojny, przytomny i sprawiał wrażenie zajętego sprawą nieba, gdy nagle zerwał się z nieludzka siłą, wyprostował na łóżku i powiedział mocnym głosem: Proszę uklęknąć, święta dziewica Barbara nadchodzi z nieba z dwoma aniołami, a jeden z nich przynosi mi Ciało mojego Pana, Jezusa Chrystusa. Głęboko się skłonił, uklęknął na łóżku, wypowiedział trzy razy: Domine, non sum dignus – Panie, nie jestem godzien, otworzył usta i wyciągnął język, aby przyjąć komunię…” Stanisław był przekonany, że odzyskał zdrowie dzięki św. Barbarze.
Drugie wydarzenie to wizja Najświętszej Dziewicy, która mu się ukazała i położyła Dzieciątko Jezus w jego ramionach. Po tym widzeniu wyzdrowiał. Wtedy też Maryja powiedziała mu:
„Pragnę, byś wstąpił do Towarzystwa Jezusowego”.
Stanisław zwierzył się z tego pragnienia swojemu kierownikowi duchowemu i natychmiast zaczął szukać sposobu, jak to powołanie zrealizować.
Wiedział, że nie ma co liczyć na zgodę ojca. Nie miał też co liczyć na brata i opiekunów. Jezuici austriaccy nie chcieli go przyjąć, bo bali się gniewu ojca, ale poradzili mu udać się do Niemiec lub Rzymu.
Dla Stanisława nie było rzeczy niemożliwej, żeby zrealizować pragnienie. Uciekł w przebraniu, 10 sierpnia 1567 roku. Pomaszerował do Augsburga, a potem do Dylingi, bo tam był prowincjał, św. Piotr Kanizy. On postanowił wysłać go do Rzymu. W towarzystwie dwóch innych jezuitów, Stanisław dotarł do Rzymu w październiku i tam rozpoczął nowicjat zakonny.
Ojciec, kiedy dowiedział się o sprawie, ze wściekłością i wyrzutami pisał do Stanisława, że
"splamił znakomity ród Kostków". Stanisław czytał ten list płacząc.
10 sierpnia 1568 roku Stanisław poczuł się źle. Położył się do łóżka na polecenia brata infirmarza i powiedział, że umrze za kilka dni. Nikt mu nie uwierzył.
„W nocy, 14 sierpnia, koło 22.30, twarz jego znieruchomiała i przestał oddychać. Umarł”.
Nie ukończył 18 lat, ale odwagą i determinacją mógłby obdzielić wielu. Kanonizował go w roku 1726 Benedykt XIII.