Urodził się 4 października 1542 roku w Montepulciano w Toskanii. Jego wujkiem był papież Marceli II. Rodzina Roberta, choć z możnymi tradycjami, miała kłopoty finansowe i dlatego jego ojciec sprzeciwiał się wstąpieniu syna do zakonu, który nie dopuszczał dla swoich członków przyjmowania godności kościelnych, co wiązało się z beneficjami. Widząc jednak determinację syna, wyraził zgodę.
Robert Bellarmin wstąpił do jezuitów w Rzymie w 1560 roku. Rozpoczął studia w Collegio Romano, ale pierwsze trzy lata nieustannie chorował. Przed usunięciem z zakonu z powodu słabego zdrowia uratowały go zdolności, jakie posiadał i spodziewane owoce jego duszpasterstwa.
Przez kolejne lata studiuje i jednocześnie wykłada oraz głosi kazania. Sława jego kaznodziejstwa rozbrzmiewa najpierw we Florencji, potem w Mondovi pod Turynem, a następnie w Padwie. W 1569 roku został wysłany do Lowanium w Belgii, by zastąpić słynnego kaznodzieję.
„Jego wygląd zewnętrzny wywołał niejeden komentarz, bo nie nosił nawet stuły: nie był kapłanem i wyglądał na chłopca. Mylący wygląd – gdy zaczął przemawiać, rósł w oczach”. Święcenia kapłańskie przyjął w 1570 roku. Jego kazania i wykłady cieszyły się olbrzymią popularnością. Ze względu na stan zdrowia musiał powrócić do Rzymu i w 1576 roku rozpoczął wykłady w jezuickim Collegio Romano. Powierzono mu katedrę "de controversia". Miał zaledwie trzydzieści cztery lata. Katedra nie miała tradycji i doświadczeń”.
Bellarmin poznał gruntownie wszystkich najważniejszych autorów protestanckich, a w 1586 roku wydrukował pierwszy tom Kontrowersji, swojego sztandarowego dzieła.
„Oprócz bogactwa i precyzji cytatów należy podziwiać uprzejmość autora w stosunku do atakowanych heretyków oraz bezstronność stanowisk. Protestanckie trąbki zagrały na alarm: nowy przeciwnik pojawił się u bram, uzbrojony jak żaden inny rzymianin. Ale najlepsi erudyci musieli uznać jego poziom”.
"(Robert Bellarmin) jest typowym przykładem jezuity przesuwanego niczym pionek w szachach”.
W 1592 roku został mianowany rektorem Collegio Romano, po dwóch latach prowincjałem w Neapolu, po kolejnych dwóch wrócił do Rzymu i został rektorem Penitencjarii. Po trzech latach mianowano go kardynałem, czemu się sprzeciwiał, ale musiał ulec woli papieża Klemensa VIII, by po trzech kolejnych latach zostać w pewnym sensie odsuniętym i mianowanym biskupem Kapui.
„Jako arcybiskup Kapui postępował wzorowo. Był prawdziwym pasterzem… [Zaczął głosić regularnie kazania.] Występował ostro przeciw grom hazardowym oraz przeciw zabójstwom, samobójstwom i kłótniom… Nie zapomniał o reformie wspólnot zakonnych, które utraciły pierwotnego ducha. Troszczył się o ubogich, zarówno o tych, których bieda rzucała się w oczy, jak i o tych, którzy ją skrzętnie ukrywali”.
Robert Bellarmin jako kardynał uczestniczył w trzech konklawe. Nawet sam był brany pod uwagę, ale jak stwierdził pewien informator
„główną przeszkodą w jego wyborze, oprócz przynależności do Towarzystwa, jest jego prawość i uczciwość. Nigdy nie przyjmie żadnego prezentu”.
Na ostatnie tygodnie życia wrócił do domu zakonnego św. Andrzeja na Kwirynale. Zmarł 17 września 1621 roku. Beatyfikował go, kanonizował i ogłosił doktorem Kościoła Pius XI.