Urodził się krótko przed rokiem 350 w Antiochii, dzisiaj Antakya w Turcji. Pochodził z bogatej rodziny. Jego ojciec był oficerem cesarskim, ale wcześnie go osierocił. Jan pozostał przy matce, zdobywał wykształcenie i prowadził życie na pół mnisze.
Chrzest przyjął, kiedy miał 20 lat. Wstąpił do stanu duchownego. Po śmierci matki w 372 roku opuścił Antiochię i zaczął wieść życie pustelnicze. Podupadł na zdrowiu, a ponieważ nie mógł się leczyć sam, wrócił do Antiochii. Niektórzy widzą w tym opatrznościową interwencję Boga, który skierował Jana na to, co było jego powołaniem, czyli posługa duszpasterska. On sam także po latach, myśląc o wyborze miedzy trudem rządzenia Kościołem a spokojem życia monastycznego, wybrałby posługę duszpasterską.
Po powrocie do Antiochii został diakonem, a w 386 roku przyjął święcenia kapłańskie. Zaczął głosić kazania i stał się słynnym mówcą.
W 387 roku wybuchły w mieście wielkie protesty przeciwko cesarzowi. Lud zburzył posągi cesarza w proteście przeciwko podwyższaniu podatków, co spotkało się ze srogimi represjami od władcy. Jan wygłosił 22 homilie "o posągach", nawołujące do pokuty i nawrócenia, piętnujące porywczość tłumu, ale i wstawiające się za nim do władcy. Cesarz ogłosił amnestię i zakazał represji. Zjednało to Janowi podziw i przywiązanie ludu.
W roku 397 zmarł patriarcha Konstantynopola i cesarz powierzył ten urząd Janowi. Gorliwie zabrał się do pracy duszpasterskiej. Doprowadził do pojednania z Rzymem biskupa Antiochii, Flawiana. Zrezygnował na swoim dworze z wszelkich oznak przepychu, jakim otaczali się jego poprzednicy. Zachęcał duchownych, aby podjęli podobne działania. Regularnie głosił kazania. Piętnował nadużycia, nie szczędząc dworu cesarskiego i duchownych. W trosce o ubogich wystawiał gospody i schroniska, gdzie mogliby się zatrzymać w razie potrzeby. Wysyłał misjonarzy na tereny zajęte przez Arabów. Dbał o rozwój liturgii. Tradycja przypisuje mu autorstwo jednej z najbardziej popularnych form liturgii bizantyjskiej, praktykowanej do dzisiaj w kościele prawosławnym i grekokatolickim.
Nawoływanie do ubóstwa i prostoty życia z czasem przysporzyło mu kłopotów. Piętnowanie nadużyć i zbytniej swobody obyczajów na dworze cesarskim sprawiło, że cesarzowa Eudoksja wystąpiła przeciwko patriarsze. Z jej polecenia zwołano w 403 roku synod zwany "pod dębem", później nazywany także "zbójeckim", na którym usunięto Jana z urzędu patriarchy i skazano na banicję. Udał się na zesłanie do Prenetos w Bitynii. Lud jednak gwałtownie wystąpił w jego obronie i cesarzowa musiała przywrócić mu wolność.
Spokój trwał krótko. Wkrótce potem cesarzowa doprowadziła do ponownego usunięcia Jana z urzędu i wygnania z Konstantynopola. Nie zmieniły tego nawet próby obrony patriarchy przez papieża. Dwór cesarski nawet nie przyjął legatów Innocentego I.
Jan Chryzostom zmarł na wygnaniu 14 września 407 roku. Pozostawił po sobie bogata spuściznę teologiczną. Zachowało się jego 17 traktatów, ponad 700 autentycznych homilii, komentarze do Ewangelii Mateusza i Listów Pawłowych oraz ponad 240 listów.
Chryzostom nie uprawiał teologii spekulatywnej. Jego nauczanie odbywało się zazwyczaj podczas liturgii. Jego teologia jest duszpasterska. Jan Chryzostom bardzo mocno akcentował potrzebę harmonii między poznaniem doktryny, a codziennym życiem, ucząc, że prawdy wiary muszą się przekładać na prawdziwość życia.
W ikonografii przedstawiany jest w stroju patriarchy ortodoksyjnego. Jego atrybuty to: księga, osioł i pisarskie pióro.