Urodził się 5 lutego 1857 roku jako drugi z siedmiu synów ubogiej wiejskiej rodziny. Gdy miał 14 lat opuścił dom rodzinny i rozpoczął pracę w kolegium jezuickim w Orduñi. Już wtedy myślał zapewne o wstąpieniu do zakonu, ale stało się to po trzech latach.
Nowicjat odbył w Poyanne na południu Francji. Idąc za tym przykładem jego dwóch rodzonych braci wstąpiło do jezuitów.
Od 1877 roku, przez kolejnych dziewięć lat opiekował się chorymi w kolegium św. Jakuba w miejscowości La Guardia, niedaleko granicy Hiszpanii z Portugalią. Gorliwie wypełniał swoje obowiązki i troskliwie zajmował się chorymi, dzięki czemu zyskał powszechny podziw i wdzięczną pamięć.
W marcu 1888 roku został przeniesiony do niedawno otwartego Uniwersytetu Deusto na przedmieściach Bilbao. Był tam furtianem, czyli pracował na portierni. Zamieszkał w małym pomieszczeniu, ciemnej "klitce" tuż obok furty, aby móc obsłużyć wszystkich przychodzących. Ta praca nie należała do najłatwiejszych, bo codziennie przez portiernię przewijało się mnóstwo ludzi.
Na portierni Uniwersytetu Deusto brat Franciszek spędził 41 lat, do śmierci. Był prostym i niewykształconym człowiekiem, ale miał dobre podejście do ludzi i był "doskonałym wychowawcą". Dla każdego miał dobre słowo, był grzeczny i uprzejmy. Nie okazywał zniecierpliwienia. Szybko
„zyskał sobie przydomek Hermano Finuras ("Brat Subtelność"). To był dowód na to, jaką cieszył się sympatią. Studenci wiedzieli dobrze, że przy całej tak wielkiej pokorze i prostocie nic nie umknie jego uwagi. "Hermano Finuras jest święty – komentowali – ale także bystry”.
„Jego ulubioną klientelę stanowiła liczna rzesza biednych, którzy w tamtych czasach bardzo zubożałej Hiszpanii nawiedzali portiernie domów zakonnych. Deusto nie był w tym względzie wyjątkiem. Na początku miał wyznaczone dni, jeden lub dwa w tygodniu… Ludzie ustawiali się w kolejce, brudni, w cuchnących łachmanach. Każdemu dawał do rak porcję chleba, zawsze z uśmiechem na ustach… Istniała pewna kategoria biednych, o których troszczył się w sposób szczególny: to ci, którzy wstydzili się żebrać. Przede wszystkim oszczędzał im wstydu, jaki mógł się łączyć z prośba o jałmużnę. Prowadził ich do rozmównicy, a potem szedł do kuchni, by poszukać żywności”.
Kiedyś pewien wizytator hiszpańskich jezuitów, późniejszy arcybiskup Genui i kardynał zapytał brata Franciszka, jak on to robi, że mimo wielu obowiązków zawsze jest taki spokojny, łagodny i cierpliwy, ten odpowiedział:
„Ojcze, staram się zrobić dobrze to, co mogę - resztę zostawiam Panu, który wszystko może. Z Jego pomocą wszystko staje się lekkie i miłe, ponieważ służymy dobremu Gospodarzowi!”
Gdy brat Franciszek miał 72 lata, poczuł ostry ból w żołądku. Było to 8 września 1929 roku, w święto Narodzenia Matki Bożej. Zmarł nazajutrz rano. Nieprzebrane tłumy przyjaciół i dawnych studentów przybyły, by oddać mu ostatnią posługę. Sutanna brata została pocięta na drobne fragmenty, aby każdy mógł mieć pamiątkę po "Dobrym Bracie". Franciszka Gárate beatyfikował Jan Paweł II w 1985 roku.