Była ósmym, ostatnim dzieckiem węgierskiego króla Beli IV i Marii Laskaris. Urodziła się 27 stycznia 1242 roku w twierdzy Klis.
Czasy były bardzo niespokojne. Tatarzy najechali na Europę wschodnią i środkową, siejąc wszędzie gwałt i zamęt. W 1241 roku Węgrzy stoczyli zażarty bój z najeźdźcami z Mongolii na polach Mohi, nad rzeką Sajo, ale ponieśli całkowitą klęskę. Wtedy król i królowa, która była w ciąży, złożyli ślub, że jeśli Bóg uratuje kraj przed wrogiem, oni oddadzą mu dziecko, które przyjdzie na świat. Bogu widać spodobała się ta propozycja, bo Batu-chan, dowódca Tatarów, wycofał swoje wojska.
Kiedy więc Małgorzata miała niespełna cztery lata, rodzice powierzyli ją opiece sióstr dominikanek w Veszprem. Kilka lat później, rodzina chciała ją odzyskać i wydać za mąż za księcia kaliskiego Bolesława Pobożnego, czy za króla czeskiego Ottoakra II, czy też za króla Neapolu Karola Andegaweńskiego. Małgorzata zdecydowanie jednak odmówiła, a w obecności prymasa Węgier i innych dostojników państwa uroczyście potwierdziła chęć pozostania w zakonie i rezygnacji z korony doczesnej na korzyść tej niebieskiej.
Kiedy miała 10 lat, przeniosła się do klasztoru sióstr dominikanek na wyspie Lepri na Dunaju, niedaleko Budy (dzisiaj to wyspa św. Małgorzaty w Budapeszcie), do klasztoru, który król wybudował dla sióstr ze względu na swoją córkę. Ona była jeszcze wtedy kandydatką do zakonu. Dwa lata później, mając dwanaście lat, złożyła swoje śluby zakonne na ręce błogosławionego Humberta z Romans, generała dominikanów.
Prowadziła bardzo surowe życie. Od siódmego roku życia nosiła pokutną włosienicę. Nie jadła mięsa. Nosiła pas pokutny, biczowała się. Do butów wkładała ostre kamienie. Pod głowę zamiast poduszki kładła kamień.
Prowadziła życie głębokiej modlitwy. Z nabożeństwem każdego dnia uczestniczyła we Mszy św. Przed przyjęciem Komunii św. pościła cały poprzedzający dzień, a noc spędzała na czuwaniu. Często też wstawała o północy na modlitwę i niejednokrotnie czuwała do rana.
Miała wielkie nabożeństwo do Męki Pana Jezusa na krzyżu. Przechodząc obok krucyfiksu, całowała pięć ran Jezusa. W Wielkim Tygodniu nie kładła się do łóżka, a jeśli odpoczywała to leżąc na gołej podłodze. Doznawała mistycznych wizji. Była jedną z pierwszych kobiet obdarowanych łaską stygmatów. Miała wielką cześć do Maryi Królowej.
Małgorzata nie pełniła żadnych oficjalnych urzędów w zakonie. Spełniała najprostsze posługi. Zajmowała się chorymi współsiostrami.
Podania przekazują, że przepowiedziała swoją śmierć. Tego dnia nad jej głową pojawiła się pięknie pachnąca kula ognia, co widziały także inne siostry. Zmarła wypowiadając słowa psalmu: „w ręce Twoje powierzam ducha mego”. Było to 18 stycznia 1271 roku. Miała niespełna 29 lat.
Starania o jej beatyfikację podjęto niemal natychmiast. Udokumentowano wtedy 74 cuda uzdrowień, a nawet kilka przypadków wskrzeszenia zmarłych. Beatyfikował ją jednak dopiero Pius VII pięćset lat po śmierci, a kanonizował Pius XII w 1943 roku. W ikonografii św. Małgorzata przedstawiana jest w habicie zakonnym, często z koroną królewską u stóp, białą lilią i księgą.