Jan urodził się pół roku przed Jezusem. Tradycja przekazuje, że przyszedł na świat w miejscowości Ain Karim, kilka kilometrów od Jerozolimy. Był synem Zachariasza, kapłana żydowskiego i Elżbiety, krewnej Maryi, Matki Jezusa. Jej to właśnie anioł Gabriel przy Zwiastowaniu zapowiedział, że Elżbieta jest w szóstym miesiącu ciąży. Ta, która uchodziła za bezpłodną, spodziewała się narodzin dziecka. Było to według słów anioła potwierdzenie, że dla Boga nie ma rzeczy niemożliwych.
Poczęcie i narodziny Jana zostały zapowiedziane także jego ojcu, Zachariaszowi, kiedy sprawował służbę kapłańską w świątyni jerozolimskiej.
Zachariasz i Elżbieta byli już w starszym wieku. Po ich śmierci Jan nie został kapłanem, jak jego ojciec, ale udał się na pustynię i tam prowadził surowe życie. Jest bardzo prawdopodobne, że zetknął się tam z esseńczykami. Było to żydowskie stronnictwo religijne, albo nawet szerszy ruch społeczny, działający od połowy II wieku przed Chrystusem do lat 70-tych pierwszego wieku.
Jan nie przystał do tego stronnictwa i nie żył we wspólnotach esseńczyków, choć ich styl życia i pewne poglądy były zbieżne, ale jego powołanie i przeznaczenie było inne. Miał być bowiem głosem na pustyni zapowiadającym i przygotowującym drogę Panu.
Jan Chrzciciel rozpoczął swoją publiczną działalność za czasów cesarza Tyberiusza, w roku 27-28 po Chrystusie. Był "głosem na pustyni" wzywającym do przygotowania drogi Panu, prostowania krętych ścieżek życia i do radykalnego nawrócenia serca. Nie ograniczał się tylko do tego, by wzywać do pokuty i nawrócenia. Udzielał chrztu nawrócenia i zapowiadał przyjście Mesjasza. On to wskazywał też na Jezusa, "Baranka Bożego", który przyszedł zgładzić grzechy świata. Jan miał jasność, co do swojej misji i powołania. Sam mówił, że nie jest Mesjaszem, ale Go poprzedza. Opisywał siebie, jako przyjaciela Oblubieńca, który czuje radość na dźwięk Jego słów. Jan wypowiedział przy tej okazji przepiękne słowa, które pokazują, jaka duchowość powinna charakteryzować prawdziwe życie chrześcijańskie:
„Potrzeba, by On [Jezus-Mesjasz] wzrastał, a ja się umniejszał”.
Niedługo potem Jan został wtrącony do więzienia. Odważył się bowiem jawnie krytykować niemoralne postępowanie władcy, tetrarchy Galilei Heroda Antypasa, którego upominał, że nie wolno mu mieć żony swego brata Filipa. Herodiada nie darowała Janowi tego wystąpienia, i kiedy nadarzyła się stosowna okazja, zażyczyła sobie głowy Jana Chrzciciela.
Herod, choć sam darzył Jana sympatią, chętnie go słuchał, to jednak przez wzgląd na złożoną przysięgę i dla podkreślenia autorytetu władcy, zgodził się, by Jana zamordowano w więzieniu. Stało się to około roku 32, choć dokładnej daty nie znamy.
Kult św. Jana męczennika szybko się rozprzestrzenił. Według tradycji chrześcijańskiej grób Jana Chrzciciela znajduje się w Damaszku. Jego relikwie znajdują się także w Moskwie, a w mniejszych fragmentach w różnych krajach Europy i Bliskiego Wschodu.
Jan Chrzciciel jest patronem wielu państw i miast. Patronuje także wielu zakonom. Wzywany jest też jako orędownik m.in. mnichów, dziewic, pasterzy, abstynentów, niezamężnych matek czy skazanych na śmierć.