Urodził się w Peralta de la Sal w Hiszpanii 31 lipca 1556 roku. Pochodził z rodziny szlacheckiej. Do szkół uczęszczał w Estadilla, w Lleidzie, w Huesca i w Walencji. W 1583 roku przyjął święcenia kapłańskie. Pracował duszpastersko w Barbastro, Urgel i Tremp, a także w administracji kościelnej.
W 1592 roku udał się do Rzymu, towarzysząc kardynałowi Markowi Colonnie i ta podróż odmieniła jego życie. Został we Włoszech i do Hiszpanii już nigdy nie wrócił.
Niedługo potem przystąpił do bractwa młodych kapłanów, którzy postawili sobie za cel nauczanie religii dzieci i dorosłych. Szybko się okazało, że było to jednak zbyt dorywcze i okazyjne, więc Józef postanowił prowadzić katechezę w mniejszym zakresie, ale w sposób lepiej zorganizowany i stały.
Na rzymskim Zatybrzu spotkał wiele ubogich dzieci, które nie chodziły do szkoły a częstokroć były też porzucone. Dlatego w 1597 roku, w zakrystii kościoła św. Doroty otworzył pierwszą na świecie szkołę publiczną. Nazwał ją "Szkołą Pobożną". Postawił przed sobą dwa cele. Po pierwsze chciał dać najuboższej i najbardziej zaniedbanej młodzieży możliwość zdobycia bezpłatnie wykształcenia, a po drugie chciał w ten sposób prowadzić ich do prawdziwego doświadczenia wiary.
Oczywiście, częstokroć najpierw musiał ich nakarmić, a nawet dać im dach nad głową. Był to dla niego nowy rodzaj życia i droga do świętości. On sam wyznał potem:
„znalazłem w Rzymie lepszy sposób służenia Bogu – pomaganie biednym dzieciom i nie poniecham tego za nic w świecie”.
Szybko się okazało, że nie może tego dokonać sam. Dlatego pod egidą papieża Pawła V, któremu oddał swoje dzieło, powołał w 1617 roku "Zgromadzenie Pawłowe dla Ubogich Matki Bożej od Szkół Pobożnych". Papież Grzegorz XV w 1621 roku powołał pijarów jako zakon o ślubach uroczystych. O. Józef został generałem zgromadzenia i złożył uroczyste śluby zakonne.
Józef Kalasancjusz jest powszechnie uważany za twórcę szkolnictwa powszechnego. Chciał stworzyć szkołę dla wszystkich, bezpłatną, dającą szeroką i wszechstronną wiedzę. Duch, jakiego tchnął w swoich naśladowców, to wiara w młodych ludzi, wiara w ich potencjał, który może być w pełni wydobyty poprzez wychowanie i wykształcenie, jakie otrzymają. O. Józef chciał, by jego bracia bezinteresownie i z pasją poświęcili się szkole, nauczaniu, wychowaniu uczniów. Duchowość pijarów według niego wyraża się najpełniej w profesjonalizmie nauczyciela i zaangażowaniu wychowawcy.
O. Józef kładł nacisk na sakrament pojednania, jako na narzędzie refleksji nad sobą i poprawy swego życia. Zniósł w swoich szkołach kary cielesne, które były wtedy powszechne. Dbał o darmowość nauczania. Istota jego systemu edukacyjnego zawiera się w haśle: "Pobożność i nauka". Tego ducha przekazał swoim braciom.
Józef Kalasancjusz zmarł 25 sierpnia 1648 roku. Pozostawił po sobie około 5 tysięcy listów. Beatyfikował go Benedykt XIV, a kanonizował w 1767 Klemens XIII. Św. Józef Kalasancjusz jest patronem wszystkich katolickich szkół podstawowych. W ikonografii ukazywany jest w habicie zakonnym, a atrybutami są lilia, księga i pióro pisarskie.