Wacław Koźmiński urodził się w 1829 roku w Białej Podlaskiej, wówczas pod zaborem rosyjskim. Przyszedł na świat w rodzinie inteligenckiej, jako drugi syn z czwórki rodzeństwa. Do szkoły podstawowej chodził w rodzinnym mieście, zaś do gimnazjum w Płocku. W tym czasie zrezygnował z praktyk religijnych i odszedł od wiary.
Rozpoczął studia na Wydziale Budownictwa w Szkole Sztuk Pięknych w Warszawie. Za udział w antyrosyjskiej konspiracji został aresztowany w kwietniu 1846 roku. Zachorował na tyfus i w lutym następnego roku został zwolniony. Te przeżycia sprawiły, że na nowo przemyślał swoje życie i plany. Nawrócił się i w grudniu 1848 roku wstąpił do zakonu kapucynów. Przyjął zakonne imię Honorat. Nowicjat odbywał w Lubartowie, filozofię studiował w Lublinie, a teologię w Warszawie. Święcenia kapłańskie przyjął w roku 1852.
Po święceniach wykładał teologię w Warszawie, był spowiednikiem i kierownikiem duchowym. Właśnie wtedy, w 1855 roku, wraz z bł. Marią Angelą Truszkowską założył żeńskie zgromadzenie zakonne felicjanek, które zajmowało się działalnością charytatywną, zwłaszcza wśród starszych i bezdomnych sierot.
Po upadku Powstania Styczniowego, kiedy rząd carski skasował większość zakonów i klasztorów katolickich, o. Honorat zamieszkał w Zakroczymiu. Tutaj rozpoczął szeroko zakrojoną akcję powoływania do życia nowych zgromadzeń zakonnych i stowarzyszeń. W większości były to zgromadzenia bezhabitowe, aby ominąć carski zakaz. W latach od 1872 do 1898 powstało wiele takich
stowarzyszeń, które dbały nie tylko o osobiste uświęcenie swoich członkiń, ale przede wszystkim prowadziły działalność charytatywną wobec ubogich i potrzebujących. Wszystkie te stowarzyszenia były oparte o Reguły trzeciego zakonu św. Franciszka. Około roku 1889 o. Honorat zwrócił się do Stolicy Apostolskiej z prośbą o zatwierdzenie zgromadzeń bezhabitowych. W tym samym roku otrzymał pozytywną odpowiedź.
Powstało zatem 26 stowarzyszeń tercjarskich, które na przestrzeni lat przekształciły się w liczne zgromadzenia zakonne tak zwane ‘bezhabitowe’. O. Honorat przez swoją działalność stał się odnowicielem życia zakonnego, a także prekursorem nowej formy życia konsekrowanego, które dzisiaj nazywamy instytutami świeckimi. Zgromadzenia te pracowały charytatywnie i apostolsko wśród młodzieży szkolnej i rzemieślniczej, w fabrykach, pośród ludu na wsi. Udzielały się też w przytułkach dla ludzi starych i upośledzonych.
Spośród tych zgromadzeń zakonnych, do dzisiaj istnieją i działają trzy żeńskie zgromadzenia zakonne habitowe i 14 bezhabitowych. Jedno ze zgromadzeń założonych przez o. Honorata odpadło potem od Kościoła i przekształciło się w ruch Mariawitów.O. Honorat od 1892 roku mieszkał w Nowym Mieście nad Pilicą. Trzy lata później został komisarzem generalnym polskiej prowincji kapucynów. W 1908 roku biskupi polscy zreorganizowali zgromadzenia zakonne założone przez o. Honorata i poprosili go, by powstrzymał się od kierowania nimi. Poddał się tej decyzji z pokorą.
Zmarł w grudniu 1916 roku. Beatyfikował go w 1988 Jan Paweł II. W ikonografii przedstawiany jest w habicie kapucynów. W uznaniu jego zasług Sejm Rzeczypospolitej Polskiej ustanowił rok 2017 Rokiem Honorata Koźmińskiego.