Jan Beyzym urodził się 15 maja 1850 roku w Beyzymach Wielkich na Wołyniu, dzisiaj na Ukrainie. Gimnazjum ukończył w Kijowie.
Mając 22 lata, wstąpił do nowicjatu jezuitów w Starej Wsi koło Brzozowa. Kilka lat później, przez krótki czas, przybywał w tym samym nowicjacie Adam Chmielowski, późniejszy św. Brat Albert, który w Krakowie organizował zbiórkę pieniędzy na wybudowanie przez o. Jana Beyzyma szpitala dla trędowatych na Madagaskarze.
O. Jan Beyzym przyjął święcenia kapłańskie w 1881 roku. Potem pracował jako wychowawca i opiekun młodzieży w jezuickich kolegiach w Tarnopolu i Chyrowie.
Kiedy miał 48 lat, zwrócił się do samego generała zakonu, o. Ludwika Martina z jasną prośbą:
„Rozpalony pragnieniem leczenia trędowatych, proszę usilnie Najprzewielebniejszego Ojca Generała o łaskawe wysłanie mnie do jakiegoś domu misyjnego, gdzie mógłbym służyć tym najbiedniejszym ludziom, dopóki będzie się to Bogu podobało. Wiem bardzo dobrze, co to jest trąd i na co muszę być przygotowany; to wszystko jednak mnie nie odstrasza, przeciwnie, pociąga, ponieważ dzięki takiej służbie łatwiej będę mógł wynagrodzić za swoje grzechy. Moja prowincja tylko na tym zyska, tracąc „gałgana”, do niczego niezdatnego, a dom misyjny, do którego zostanę przydzielony, nic nie ucierpi, ponieważ będę się starał, wedle sił i z Boską pomocą, wypełnić swoje obowiązki”.
Generał wyraził zgodę. Początkowo o. Jan miał pojechać do Indii, aby tam pracować z trędowatymi, ale nie znał angielskiego i ostatecznie zdecydowano, że pojedzie na Madagaskar, gdzie używano znanego mu języka francuskiego.
O. Jan Beyzym rzucił się w wir pracy. Służył opuszczonym, chorym, głodnym, tym, którzy byli wykluczani ze społeczeństwa. Poświęcił się szczególnie, jak pragnął, trędowatym. Zamieszkał z nimi, opiekował się dniem i nocą. Przy pomocy rodaków z Polski, a także zagranicznych dobroczyńców – nie wahał się nawet napisać po prośbie do samego cesarza austriackiego – wybudował szpital dla trędowatych, pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej, co uczyniło go prekursorem współczesnej opieki nad ludźmi dotkniętymi tą chorobą. Malgasze z wielką czcią przyjęli „Czarną Madonnę”, mówiąc, że
„brązowa, jak my i poraniona, jak my”.
Wielką pomocą i doskonałym narzędziem informacji i komunikacji okazały się listy misjonarza, publikowane w krakowskim piśmie jezuitów: Misje Katolickie. W jednym z listów pisał:
„Niech nikt nie myśli, że pielęgnować trędowatych to bardzo łatwo albo przyjemnie. Czytać opisy w „Misjach [Katolickich]” lub gdzie indziej i przepatrywać rysunki, to łatwo się robi, a może i z przyjemnością, ale między opisem lub rysunkiem a rzeczywistością gruba różnica”.
W innym liście zaś o. Jan zżymał się na redaktora pisma za to, że wydrukował zdanie, iż
”"Polska wydała dzielnego misjonarza ojca Beyzyma”... Jak Ojciec mógł to puścić w korekcie, kiedy to kłamstwo?”
Szpital został oddany do użytku w 1911 roku i wtedy o. Jan po cichu zaczął marzyć o wyjeździe na Sachalin, na Syberii, do pracy misyjnej wśród katorżników. Nie zdążył. Zmarł 2 października 1912 roku.