Urodził się 6 stycznia 1500 roku, w Almodóvar del Campo, w południowej Hiszpanii. Miał żydowskie korzenie ze strony ojca. Pochodził z bogatej, szlacheckiej rodziny.
Mając tylko 13 lat, rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie w Salamance. Przerwał je po czterech latach i wrócił do domu. Doświadczenie usunięcia go z uczelni pomogło mu odkryć powołanie do kapłaństwa.
Rozpoczął studia teologiczne na uniwersytecie w Alkalá. W 1526 roku przyjął święcenia kapłańskie. Jego rodzice już wtedy nie żyli, a Jan odziedziczył po nich spory majątek. Sprzedał go i w większości rozdał majątek ubogim. Zostawił sobie tylko niewielką sumę na podróż misyjną do Meksyku. Na swoją Msze św. prymicyjną zaprosił dwunastu żebraków, którym sam usługiwał.
Potem udał się do Sewilli i czekał na statek do Meksyku. Dał się wtedy poznać, jako znamienity kaznodzieja. Arcybiskup postanowił pozyskać go dla swojej diecezji. Jan zrezygnował z podróży za ocean, a biskup posłał go, aby ewangelizował w rejonie Andaluzji.
Andaluzja, południowy region w Hiszpanii, dopiero w 1492 roku została odzyskana z rak muzułmanów. Wielu innowierców pod nowym panowaniem przyjmowało chrzest, ale był to właściwie teren misyjny.
Jan gorliwie zabrał się do pracy duszpasterskiej. Głosił z zapałem Słowo Boże, dużo spowiadał i odprawiał Msze święte. Prowadził życie ascetyczne, pełne wyrzeczeń, pokazywał na własnym przykładzie, jak przylgnąć do Ewangelii. Jego radykalizm w życiu i nauczaniu wzbudził podejrzenia Inkwizycji i Jan został na kilkanaście miesięcy uwięziony.
W więzieniu napisał duchowe dzieło Posłuchaj córko i przetłumaczył na język kastylijski dzieło O naśladowaniu Chrystusa Tomasz a Kempis. W 1533 roku wyszedł na wolność i został w pełni zrehabilitowany. Kontynuował swoja działalność kaznodziejską w Andaluzji.
Pod wpływem jego kazań nawrócił się św. Jan Boży, założyciel bonifratrów, a św. Franciszek Borgiasz postanowił zostać jezuitą. Jan przyjaźnił się i korespondował z wieloma świętymi i reformatorami z epoki: Ignacym Loyolą, Teresą z Avila i Janem od Krzyża.
Kilkakrotnie odmawiał przyjęcia godności biskupiej i kardynalstwa. Pozostawił po sobie wiele dzieł teologicznych i ascetycznych. Jan był świadkiem wiary. Uczył modlitwy, która przemienia codzienne życie, czyni je autentycznie chrześcijańskim. Taka modlitwa wyzwala z egoizmu i skoncentrowania na sobie. Uczy pokory i cierpliwości w znoszeniu przykrości dla Chrystusa, bo – jak pisał Jan – „Jeśli dusza nie odczuwa tego pragnienia, by znosić upokorzenia dla Chrystusa, coś cierpieć dla Niego i nie pełni aktów innych cnót, tedy wszelkie inne jej praktyki pobożnościowe są podejrzane”.
Jan żył ascetycznie i ubogo. Wiedział bowiem, że tylko przykład jest pociągający, głoszone słowo musi być poparte świadectwem życia. Zachęcał tych, którzy proponowali reformy w Kościele, by zaczynali od reformowania siebie. Wierni przyjmą zachęty i proponowane zmiany, jeśli zobaczą, że sam kaznodzieja stosuje je w życiu.
Św. Jan zmarł 10 maja 1569 roku. Jego relikwie spoczywają w Kordobie. Beatyfikował go Leon XIII, a kanonizował w 1970 roku Paweł VI. Doktorem Kościoła ogłosił go Benedykt XVI w 2012 roku.