Jan Maria Mastai Ferretti przyszedł na świat 13 maja 1792 roku w Senigalii, we Włoszech.
W 1819 r. Jan Maria przyjął święcenia kapłańskie. Mając 35 lat został biskupem Spoleto, a po pięciu latach - Imoli. 16 czerwca 1846 roku, Jan Mastai został wybrany na papieża. Przyjął imię Piusa IX. Miał 54 lata.
W listopadzie 1848 roku mianowany przez Papieża Piusa IX nowy premier, Pellegrino Rossi, został zamordowany. To był cios i dla papieża. Uznał, że nie może dłużej pozostać w Rzymie, bo to oznaczałoby zgodę na rewolucyjne zmiany. W jesienny poranek, w czarnej sutannie i w ciemnych okularach, wyjechał potajemnie z miasta. Udał się do Gaety, a potem do Neapolu. W tym czasie Rzym ogłosił się republiką i pozbawił papieża jego świeckiej władzy.
Udręczony sytuacją Pius IX, po powrocie do stolicy, całą administracją i polityką państwa obarczył kardynała Antonellego. Sam chciał być przede wszystkim pasterzem Kościoła. Nie było to jednak do końca możliwe.
Pius IX był wielkim papieżem na trudne czasy. Jego uwagę pochłaniały w dużej mierze sprawy Państwa Kościelnego, którego integralność starał się zachować, zarazem reformując je od wewnątrz. Zreorganizował administrację, dopuścił do udziału w rządzie centralnym przedstawicieli prowincji, a wreszcie ogłosił konstytucję. Były to jednak półśrodki, które zadowalały tylko na krótki czas.
W 1854 roku Pius IX ogłosił dogmat o Niepokalanym Poczęciu NMP.
W 1860 roku wojsko Zjednoczonego Królestwa Włoskiego opanowało większość terytorium Państwa Kościelnego.
Nadchodził rok 1869. Od dłuższego czasu dojrzewała myśl zwołania soboru. Pius IX liczył, że dzięki niemu możliwe będzie przeciwstawienie się racjonalizmowi i wszystkiemu, co on ze sobą niesie. W grudniu zgromadzenie biskupów zostało otwarte. Ojcowie soboru pracowali z pośpiechem. Im też udzieliło się napięcie, które ogarnęło Europę. W powietrzu wisiała wojna Francji z Prusami, co musiało się odbić na losach Państwa Kościelnego. Rankiem 18 lipca nad Rzymem przeszła ciężka burza, jakby zwiastując zbliżające się wydarzenia. Zebrani w auli soborowej biskupi, w blasku błyskawic i huku przewalających się nad miastem gromów, głosowali właśnie nad przyjęciem konstytucji Pastor aeternus, która formułowała dogmat o nieomylności papieskiej. Miażdżąca większość biskupów oddała głosy na "tak".
Po miesiącu, w związku z wybuchem wojny, Rzym opuścił korpus francuski. Obszar świeckiej władzy papieża ograniczył się już tylko do murów Wiecznego Miasta. Pius IX kazał ich bronić, aż powstanie w nich wyłom. Działa oblegających dokonały tego wkrótce. W dniu 15 września 1870 r., o godzinie dziesiątej, do Rzymu wkroczył generał wojsk włoskich Cadorna. Tak zakończył się tysiącletni etap dziejów Państwa Kościelnego.
Ostatnie lata życia papież spędził w murach pałacu papieskiego, nie opuszczając ich ani razu. Na znak protestu ogłosił się "więźniem Watykanu". Ten swoisty tytuł przylgnął do papieży aż do roku 1929, gdy Pius XI podpisał traktaty laterańskie.
Pius IX zmarł 7 lutego 1878 roku, mając 86 lat. Jego pontyfikat trwał 32 lata. Jan Paweł II beatyfikował go 3 września 2000 roku.