Urodził się 9 marca 1568 roku w rodzinnym zamku Castiglione delle Stiviere niedaleko Mantui we Włoszech. Był pierwszym z ośmiorga rodzeństwa.
„Nie brakowało mu nigdy niczego i był rozpieszczany od początku i przez wszystkich. Na jego widok mamę ogarniała czułość, a ojciec czuł się dumny. Ona uczyła go modlitwy, a on chciał go nauczyć sztuki wojennej… Chłopiec był zachwycony. Ale okazywał również skłonność do modlitwy i do pomagania ubogim, których napotykał”.
Ojciec Alojzego, don Ferrante, spełniwszy ambicje swojego życia, uzyskał tytuł księcia Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Miał nadzieję, że pierworodny syn, Alojzy podejmie jego dziedzictwo. Matka chłopca miała inne aspiracje. Mówiła o tym otwarcie, że byłaby szczęśliwa, gdyby miała syna zakonnika.
Początkowe nauki Alojzy pobierał w domu rodzinnym. Mając dziewięć lat udał się do Florencji, aby kontynuować naukę. Już wtedy zdradzał zamiłowanie do modlitwy i zamiast się bawić z rówieśnikami, budował ołtarze. Starał się także prowadzić uporządkowane życie. Chciał opanować odruchy gniewu, charakterystyczne dla rodu Gonzagów. Często się spowiadał. Pewnego dnia w kościele Zwiastowania, przed obrazem Matki Bożej, złożył ślub wieczystej czystości.
W lipcu 1580 roku przyjął pierwszą Komunię św. z rąk św. Karola Boromeusza.
W marcu 1582 roku rodzina Gonzagów przenosi się na dwa lata do Madrytu, na dwór hiszpański. Alojzy ma wtedy czternaście lat. Zastanawia się, jakie jest jego powołanie. 15 sierpnia 1583 roku, na modlitwie przed figurą Matki Bożej Dobrej Rady, słyszy wyraźny głos, że ma wstąpić do jezuitów. Musiał jednak skonfrontować się z planami ojca, który był temu przeciwny.
„Alojzy stanął przed ojcem z największym szacunkiem i pokorą, na jaką mógł się zdobyć, i przedstawił mu swoje plany. Zdecydowanie chce zostać zakonnikiem. Markiz spojrzał na piętnastoletniego chłopca, mówiącego z taką pewnością i wybuchnął: Idź sobie stąd! Jeśli nie odejdziesz, każę cię obnażyć i wychłostać. Irytacja ojca trwała kilka dni… Uspokoiwszy się trochę, markiz zaczął rozmawiać z synem: Synu, przynajmniej chciałbym, byś wziął pod uwagę inny zakon, bo wtedy nie byłbyś pozbawiony godności, które przyniosłyby zaszczyt naszemu domowi. To właśnie – odpowiedział Alojzy – jest jeden z powodów, dlaczego wybrałem Towarzystwo, by raz na zawsze zamknąć drzwi przed wszelkimi ambicjami”.
Alojzy wstąpił do nowicjatu jezuitów w Rzymie w listopadzie 1585 roku. Budował wszystkich swoją postawą.
Na przełomie roku 1590 i 91 w Rzymie wybuchła wielka zaraza dżumy. Alojzy studiował wtedy teologię. W pewnym momencie chorych było kilkadziesiąt tysięcy, na niewiele ponad sto tysięcy mieszkańców Rzymu. Jezuici pospieszyli z pomocą chorym.
Alojzy Gonzaga oddał się gorliwie tej posłudze, zajmując się najtrudniejszymi przypadkami. Odwiedzał wszystkie szpitale. Pisał do swojej matki i brata, prosząc o wsparcie. W marcu 1591 roku poczuł się źle. Miał świadomość, że się zaraził. Z czasem pojawiła się także gruźlica.
Alojzy zmarł w Rzymie 21 czerwca 1591 roku, mając zaledwie 23 lata. Nie doczekał święceń kapłańskich. Kanonizował go papież Benedykt XIII w 1726 roku. Jest patronem studiującej młodzieży katolickiej.